Gromadzone w zbiorach specjalnych biblioteki Instytutu Północnego stanowią zbiór różnorodny, obejmują związane z regionem: dokumenty, opracowania, prace niepublikowane, spuścizny osób, prace magisterskie i doktoranckie, zbiory pamiętników, akta instytucji
Umownie zbiór rękopisów można podzielić na grupy tematyczne: materiały związane z ruchem polskim do 1939 roku na Warmii, Mazurach, Powiślu, w tym materiały dotyczące plebiscytu, działaczy ruchu polskiego, szkolnictwa polskiego, Związku Polaków w Prusach Wschodnich, zbiór pamiętników, twórczość literacka ludowa i profesjonalna, inwentaryzacja nagrobków i cmentarzy na Warmii i Mazurach (dokumentacja opisowo-fotograficzna). Zbiór pamiętników powstał między innymi w wyniku rozpisania konkursów: Pamiętnik-życiorys Polaka z Prus Wschodnich zorganizowany przez PTH/Instytut Mazurski w Olsztynie (1947), Moje życie i praca na Warmii i Mazurach zorganizowany przez OBN (1964, 1984/1995), Wspomnienia byłych robotników przymusowych na terenie dawnych Prus Wschodnich zorganizowany przez Okręgową Komisję Badania Zbrodni Hitlerowskich w Polsce i Związek Bojowników o Wolność i Demokrację w Olsztynie (1970), relacje byłych robotników i jeńców wojennych gromadzone na zlecenie stacji Naukowej PTH w Olsztynie (1974), Konkurs „Moje XXX-lecie” zorganizowany w 1974 roku przez redakcję „Słowa na Warmii i Mazurach” (1974), Konkurs „Dać świadectwo prawdzie” dotyczący losów mieszkańców Kresów Wschodnich II Rzeczpospolitej po 17 września 1939 roku, zorganizowany przez OBN i Oddział Olsztyński PTH (1989), relacje mieszkańców Kresów Wschodnich II Rzeczpospolitej po 1939 roku (1989), Konkurs na wspomnienia dawnych mieszkańców Kresów Wschodnich, zorganizowany przez OBN i PTH (1998), Konkurs „Solidarni z historią”, zorganizowany przez OBN i Stowarzyszenie „Pro Patria” (1999). Przechowywane są materiały dotyczące organizacji życia społeczno-politycznego po wojnie, między innymi: dotyczące szkolnictwa, akta Okręgowego Urzędu Likwidacyjnego, Polskiego Związku Zachodniego, Stronnictwa Ludowego, Mazurskiego Uniwersytetu Ludowego w Rudziskach Pasymskich, Polskiego Związku Zachodniego, Towarzystwa Rozwoju Ziem Zachodnich, Wojewódzkiej Rady Narodowej w Olsztynie, Wojewódzkiego Urzędu Ziemskiego w Olsztynie, Zarządu Wojewódzkiego Stronnictwa Ludowego w Olsztynie, Związku Samopomocy Chłopskiej w Dywitach. W ostatnich latach zbiory powiększyły się o zespół akt Pantomimy Olsztyńskiej oraz olsztyńskiej „Solidarności” z lat 1981-1989. Niezwykle cenne są następujące zbiory, kolekcje i spuścizny: Michał Kajka – rękopisy i odpisy utworów religijnych i okolicznościowych, wiersze, listy i korespondencja urzędowa, wycinki prasowe. Alojzy Śliwa – artykuły, wiersze, dokumenty osobiste, korespondencja, pamiętniki, notatki. Dokumenty dotyczące rodziny Barabaszów z okresu 1939-1943 (odpisy). Jan Kawecki – Słownik mazurski, folklor, zbiory dokumentów osobistych, dokumentów z historii regionu. Kazimierz Jaroszyk – Dziennik i notatnik Paweł Jeleniewski – dokumenty i pamiątki osobiste, rodzinne. Cezary Jurgielewicz – dokumenty osobiste z lat 1946-1950. Kolekcja rodziny Wichmannów z Woryt (kartki okolicznościowe, świadectwa, rozporządzenia w sprawie oświaty). Konrad Germann – dokumenty osobiste działacza plebiscytowego, akta IX Oddziału Policji Państwowej w Poznaniu Gustaw. Leyding -dokumenty i materiały dotyczące działalności publicznej, społecznej i naukowej. Karol Małłek – opracowania o Mazurach, pamiętniki działaczy komunistycznych na Warmii i Mazurach zebrane przez K. Małłka, korespondencja słuchaczy Mazurskiego Uniwersytetu Ludowego w Rudziskach Pasymskich. Spuścizna Pawła Jaśka (1908-1982). Zbiory prywatne Wilhelminy Małłek. Zbiór akt Stanisława Wiśniewskiego dotyczący szkolnictwa w województwie olsztyńskim.