Biblioteka Instytutu Północnego im. W. Kętrzyńskiego istnieje od 1963 r. Początkowo zbiór biblioteki stanowił księgozbiór byłego Instytutu Mazurskiego, gromadzony od 1945 roku przez Emilię Sukertową-Biedrawinę, ówczesną kierowniczkę Instytutu, która wyszukiwała w terenie i zwoziła do Olsztyna cenne książki i czasopisma (w tym książki z biblioteki Michała Kajki). Po przekształceniu Instytutu Mazurskiego w Stację Naukową Instytutu Zachodniego w Poznaniu, a następnie w Stację Naukową Polskiego Towarzystwa Historycznego zbiory te przeszły na własność Polskiego Towarzystwa Historycznego, który przekazał je w depozyt OBN. Od 1963 roku Ośrodek rozpoczął gromadzenie własnych zbiorów poprzez zakupy, dary i wymianę Od 1963 roku zbiory Stacji Naukowej PTH i OBN stanowią pod względem merytorycznym jeden księgozbiór. Od 1978 r., ze względu na unikatowe zbiory dotyczące regionu, Biblioteka została włączona do Narodowego Zasobu Bibliotecznego. Jest specjalistyczną biblioteką regionalną o profilu humanistycznym. Gromadzi materiały biblioteczne i archiwalne z zakresu nauk społecznych. Prawie połowa zbiorów dotyczy bezpośrednio regionu. Biblioteka gromadzi zbiory zwarte, czasopisma, starodruki, archiwalia, mikrofilmy, kartografię, dokumenty życia społecznego dotyczące regionu (rozumianego historycznie). W bibliotece gromadzone są materiały dotyczące Pomorza Wschodniego, byłych Prus Wschodnich (a więc region Warmii, Mazur, Obwód Kaliningradzki), Pomorza Zachodniego, Ziemi Lubuskiej, Górnego Śląska, Wielkopolski.

Wydawnictwa zwarte stanowią ilościowo największe zbiory i obejmują nauki społeczne: historia (regionalna, poza regionalna - historia Polski, historia Niemiec, a także opracowania ogólne dotyczące historii innych krajów), etnografia, socjologia, demografia, religioznawstwo, gospodarka (głównie historia gospodarcza), historia prawa, naukoznawstwo, kultura, pedagogika i oświata, literatura piękna, sztuka. Poza regionalnymi gromadzimy tylko wybrane pozycje, ze względu na istnienie w Olsztynie bibliotek publicznych, biblioteki UWM, biblioteki pedagogicznej.

W zbiorach posiadamy zbiór bibliografii, encyklopedii, słowników i informatorów.

Czasopisma - profil rzeczowy jest analogiczny do druków zwartych. Głównie gromadzone są gazety i czasopisma ukazujące się na terenie Warmii, Mazur, Powiśla oraz Królewca, a także ukazujące się obecnie w Obwodzie Kaliningradzkim Federacji Rosyjskiej. Cenny zbiór stanowią kalendarze, szczególnie regionalne.